Kristalisasi merupakan proses alami yang merubah cairan madu menjadi padatan/gumpalan. Kristalisasi terjadi ketika glukosa, yang merupakan salah satu dari dua jenis gula utama yang ada pada madu ( glukosa dan fruktosa ) secara spontan memisah dari ikatannya. Glukosa kehilangan air ( menjadi glukose monohhydrate) berubah bentuk menjadi kristal yang mengikat komponen madu lainnya membentuk semi padatan. 

Banyak faktor yang mempengaruhi kristalisasi pada madu, yaitu sebagai berikut : 

1. Faktor utama yang berpengaruh yaitu kadar glukosa dan kadar air. Kadar glukosa dan kadar air yang tinggi (seperti pada madu karet, kaliandra,kopi) mempercepat proses kristalisasi. 

2. Adanya partike-pertikel kecil seperti debu, bee pollen, sisa lilin atau propolis, dan gelembung udara pada madu dapat juga menstimulasi kristalisasi. 

Umumnya terjadinya kristalisasi tergantung dari jenis madu dan penaganan pasca panen, dan kondisi penyimpanan. Kristalisasi pada madu mengurangi kualitas madu yang dijual, kondisi ketika padatan madu sudah mencair akan mempercepat pertumbuhan khamir pada madu sehingga terjadilah fermentasi yang menghasilkan rasa asam pada madu. 

Kristalisasi pada madu dapat dikurangi dengan menjaga suhu madu pada 40 derajat celcius sampai tujuh puluh satu derajat celcius selama pembotolan, penyaringan madu sebelum dikemas untuk menghilangkan partikel-partikel yang dapat memancing kristalisasi ( National Honey Board, 2006 ). 

Jika madu sudah terlanjur mengkristal sebaiknya madu dituang ke wadah dan rendam dalam air hangat sambil di aduk sampai kristalnya hancur. Atau tuang madu ke wadah yang tahan panas kemudian panaskan dalam microwave, aduk setiap 30 detik sampai kristalnya mencair. Ingat, untuk mencairkan kembali kristal madu tidak dianjurkan untuk merebusnya. (source: Media Madu Pramuka)